يتم انتخاب مجالس الاتحادات ولجانها سنويا خلال ستة أسابيع من بدء الدراسة في كل عام دراسي على أن يُفتح باب الترشيح خلال الأسبوع الرابع من بداية العام الدراسي ويصدر قرار من وزير التعليم العالي بتحديد مواعيد الانتخابات بناءً على اقتراح اتحاد طلاب مصر قبل الموعد المحدد ويختص مجلس اتحاد كل جامعة بتحديد المواعيد التفصيلية ويعتمدها رئيس الجامعة قبل بدء إجراءات الانتخابات بأسبوع.
ويحق لأي طالب مقيد في فرقته الإدلاء بصوته دون أي شرط، ولا يجوز استخدام الشعارات الطائفية أو الفئوية أو الحزبية في الانتخابات.